2013上半年，科伦药业研发投入2.07亿元，占销售收入的6.49%，而2012年，科伦研发投入为2亿元，占销售收入的3.4%。科伦药业大幅度提高研发创新投入，与王晶翼博士加盟科伦药业以来，科伦药业在对研发机构和方向进行调整后有关。据了解，今后科伦药业在研发费预算上，原则上都将按照销售收入的6%左右进行预算和控制。
作为全球最大的专业输液制造商，科伦药业自成立以来就高度重视企业的自主创新。科伦药业旗下的科伦药物研究院建立了多个国家级创新平台，包括国家级企业技术中心、国家地方联合工程实验室、国家大容量注射剂工程技术研究中心、国家博士后工作站、科伦创新药物孵化基地等。这些平台的建设，为企业奠定了良好的创新基础，使公司拥有了位列国内前茅的药物创新能力。
与此同时，科伦药业还先后与北京大学、中国药科大学、沈阳药科大学、华东理工大学、四川大学、江西中医学院、成都中医药大学、四川省中医药科学院、四川抗菌素工业研究所等20多家医药研究机构建立了广泛、深入和长期的合作关系，充分利用知识联盟的作用提升科伦药业的研发实力。
科伦药业过去采用一个研发中心集中研发的模式，各生产基地不承担研发工作。随着公司规模的不断扩大，这种模式已不能满足公司发展的需要。在王晶翼博士加盟科伦药业后，将研发机构调整为“一院、两分院和各基地研发部”的放射状网络结构。“一院”，就是位于成都温江的四川科伦药物研究院，下设选题立项与合作、仿制与创新药物开发、药理和临床研究到项目注册与综合管理的14个专业技术部门。“两分院”，就是正在北京和苏州筹建的两个研究分院。一院和两分院是科伦药物研发的主力部队，承担6类及以上各类药物的研发重任，包括创新药物。各生产基地设立研发部，负责本基地的各种补充申请，如改变包装材料、增加规格、标准转正、再注册等工作，并配合研究院申报各类新药。
为了鼓励研发人员快出成果、多出成果，科伦药业给予从事研发人员在同地区同行业中有竞争力的薪酬；提供充足的研究经费和实验条件；按照所承担项目的市场价值的20%进行分阶段提成奖励；为优秀的研发人员提供住房等，切实保障科伦药业的研发创新迈上一个新的台阶。
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